В  статье представлены результаты эмпирического исследования, посвященного оценке уровня профессиональной компетентности среднего медицинского персонала в  вопросах обращения с  медицинскими отходами. На основании анкетирования 356 респондентов из медицинских организаций Оренбургской области выявлена структура профессиональных дефицитов, определен перечень классов отходов, вызывающих наибольшие сложности, а также установлены приоритетные направления дополнительного профессионального образования. Интегральный показатель системных затруднений в работе с нормативно-методической документацией составил 7,9% (95% ДИ: 5,3–11,4%), при этом наиболее проблемными классами отходов признаны классы «Г» (токсикологически опасные) и  «Д» (радиоактивные). Обоснована необходимость разработки и  внедрения модульных образовательных программ повышения квалификации, учитывающих выявленные профессиональные дефициты и специфику деятельности различных категорий среднего медицинского персонала.